El objetivo del FAP, administrado por el FIAS a partir del 2018, es apoyar el financiamiento en el largo plazo de los gastos de operación que demande la protección de la biodiversidad albergada en las áreas protegidas. Este fondo patrimonial genera rendimientos destinados a financiar los gastos operativos básicos para la ejecución de los planes de manejo de las Áreas Protegidas (AP), al año 2020 se obtuvo un rendimiento de aproximadamente 3 millones. Adicionalmente, desde el año 2020 se cuenta con la ejecución del Programa Ecuador Azul cuyo plan piloto apoya a 5 áreas marino costeras; estos recursos adicionales son direccionados a monitoreo, capacitación y equipamiento.