Con la creación del Ministerio del Ambiente en 1996, y tras varios talleres conjuntos realizados con actores públicos y privados a inicios de la década del 2000, se diseñó un fondo de carácter patrimonial con el objetivo de apoyar el financiamiento de los gastos operativos que demande la protección de la biodiversidad albergada en las áreas protegidas.

En la actualidad, 20 años después, el Fondo de Áreas Protegidas financia, acompaña y promueve la conservación y uso sustentable de 42 de las 53 áreas del Subsistema Estatal de Áreas Protegidas (SEAP), que representan el 98,8% de la superficie a cargo del Ministerio del Ambiente, Agua y Transición Ecológica en el Ecuador continental.